Introdução: Câncer é uma palavra comumente utilizada para se referir ao termo técnico dado a neoplasias malignas que correspondem a um grupo complexo de doenças que apresentam crescimento desordenado de células que invadem os tecidos e órgãos, podendo espalhar-se para outras regiões do corpo, causando metástases. Objetivo: Avaliar quais microorganismos específicos influenciam no processo da patogênese da mucosite induzida por quimioterapia em pacientes pediátricos oncológicos. Analisar amostras salivares obtidas por meio de citologia baseada em meio líquido que foram coletadas de pacientes pediátricos que estavam sob tratamento de quimioterapia. Metodologia: O presente estudo é classificado como uma pesquisa de campo e laboratorial, do tipo longitudinal, prospectivo e observacional, com avaliações orais, por meio de coleta salivar, preenchimento de formulários, coleta de dados dos prontuários médicos e avaliações microbiológicas (por meio de PCR). Foram incluídos 64 pacientes, 32 em tratamento oncológico e 32 saudáveis, que não estiveram em tratamento oncológico Resultados: Dos 32 pacientes em tratamento oncológicos 23 tiveram diagnóstico de linfoma, 7 de sarcoma e 2 de outros tipos de tumores malignos. Neste grupo dos pacientes oncológicos, 14 desenvolveram mucosite oral durante o tratamento antineoplásico (43,75%). Os microrganismos que estiveram associados a presença de mucosite foram: Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus Aureus, Neisseria meningitidis, Klebsiella pneumoniae, Enterobacteriaceae Conclusão: A partir dos resultados deste estudo foi possível concluir mudanças na dinâmica da microbiota oral em pacientes em tratamento quimioterápico, estas bactérias Streptococcus spp, Streptococcus pyogenes, Staphylococcus Aureus, Neisseria meningitidis, Enterobacteriaceae fazem parte da microbiota e provavelmente influenciam a patogênese da mucosite oral em pacientes pediátricos submetidos às terapias antineoplásicas.